Empecé a trabajar con Prototype un poco por "imposición técnica" y ya me pareció una maravilla el poder abstraerme de los XmlHttpRequest y demás. Desde hace un tiempo estoy empezando a profundizar más en jQuery, y, en mi opinión, me parece más cómodo y sencillo.
- En jQuery los selectores utilizan la sintaxis de CSS y son uniformes, es más claro -- p. ej.: $('#titulo') ó $('div.resaltado') en Prototype serían $('titulo') y $$('div.resaltado').
- En jQuery las operaciones típicas como ocultar/mostrar un elemento o conjunto de elementos son más sencillas: da igual que nuestro selector nos devuelva un sólo elemento o un conjunto de ellos, el método es el mismo -- p. ej.: $('#titulo').hide() ó $('div.resaltado').hide()
- Generalizando mucho, podemos decir que jQuery es más conciso y Prototype más explícito.